新型メタルギアを追い、ソリッド・スネークが偽装タンカーへと単身潜入する「タンカー編」と、新生FOXHOUND部隊の雷電がテロリストに占拠された洋上プラントへと潜入する「プラント編」の二部構成で描く物語。 主観視点での武器の扱いや敵のホールドアップ、倒れた相手を抱え、引きずるなど、新たなアクションが盛り込まれた。 メタルギアシリーズ正史4作目のタイトル。