舞台は『ライザのアトリエ2』の物語から約1年後。成長したライザと仲間たちによる”最後の夏の冒険”が始まります。『ライザのアトリエ3 ~終わりの錬金術士と秘密の鍵~』に、新たなストーリーやクリフォード、セリ、キロの3名のがプレイアブルキャラクターに追加など新規要素を多数盛り込んだDX版が登場!